管理会计可以成为业务规划，战略发展和内部监控的有效工具。同时，完全依赖管理会计信息可能会产生潜在的问题。仅依靠管理会计可能是危险的，并导致业务走向错误的方向。管理者需要了解管理会计的缺点，以便他们能够以批判的方式评估所提供的信息。能够做到这一点的经理将能够将管理会计信息与其他信息结合使用，以做出明智的业务决策。
缺乏标准化
财务会计是高度标准化的，财务会计师使用诸如公认会计原则（GAAP）等指导原则。与此形成鲜明对比的是，管理会计没有一套标准程序。管理会计师可以设计自己的系统和指标来评估组织的财务状况。这样做的缺点是一个会计师的方法可能与另一个方法有很大不同。这可能导致衡量财务基准和评估的方式不一致。它还要求会计师更有知识，能够解释他人开发的会计系统。
过分强调定量信息
定量数据对于做出明智的业务决策很有价值。然而，管理会计专注于量化指标而忽略了无法用美元和美分衡量的因素。例如，将生产设施重新安置到工资成本较低的地区似乎具有财务意义。管理会计可以计算工资节省和可能发生的某些成本增加（例如，运输成本或进口关税）。但是，管理会计不能考虑诸如与该地区社区成员的善意相关的节约，或者这种决定可能产生的公共关系问题。管理会计是非常理性的，但有时完全理性可能是一个缺点。
主体
在创建衡量绩效的指标和方法时，管理会计允许大量的主观性。这是有问题的，因为会计师的个人信仰和偏见会对衡量绩效的方式产生影响。例如，如果需要管理账户来衡量工人的生产率，她可能只关注产出，而不考虑可能对总体生产力产生深远影响的工人投入。这会影响公司和员工。公司受到影响，因为它使用的信息可能不是最好的，如果员工认为他们没有得到公平的评估，他们就会受到影响。
