基于系统的审计检查运营单位或整个组织中流程，系统，控制和绩效的一般有效性，效率和经济性。它可以确保组织的每个组成部分都能实现目标。使用基于系统的审计的审计员必须全面了解单位或公司的目标，组织结构和运营特征。在审计开始之前完成了彻底的初步研究和数据分析。基于系统的审计有优点和缺点。
及时遏制问题
基于系统的审计评估单位在管理目标和政策与程序合规性方面的表现。解决了不足之处和缺点，以确保没有偏离设定方向的材料。建议有助于提高效率和有效性，并最终完全实现组织目标。重点始终是改善无效运作。
资源的最佳利用
这种审计需要了解客户的相关活动以及与活动相关的内部控制。鉴于组织单位不同，这种理解至关重要。在基于系统的审计中，确定高风险领域并给予优先考虑。这确保了大多数有限的审计资源。涉及问题领域。
获取证据的难度
基于系统的审计的缺点是需要全面的证据来支持所需的效率，有效性和性能测量。常用的测试包括文档，观察和分析。如果审核审查复杂的活动，那么获取和解释证据很困难，或者需要专业领域的技术专业知识，并且可能无法获得技术专业知识。
缺乏标准评估
必须针对每种情况制定评估标准，通常是与客户的人员协商，这使得每次审计平等参与。审核员必须研究历史趋势，检查同行群体标准或使用绝对和协商标准来确定适当的标准。此外，基于系统的审计不存在报告标准，因为每个审计都有特定的要求和结果。
