组织结构决定了员工和管理层在代理机构内的沟通方式。正如私营部门的企业利用其组织结构来实现其生产力和盈利目标一样，公共部门的机构也采用组织结构来完成其任务，以造福所有公民。公共部门机构依靠严格定义组织结构内的角色来执行其任务。
垂直结构
各级政府机构大多使用纵向结构。垂直组织结构的定义是让董事或部门负责人处于领先地位，拥有一些中层管理人员甚至更低级别的职位。部门负责人决定操作程序，中层管理人员制定实施这些程序的计划，下级工作人员执行所需的任务。虽然各种兵役分支是垂直结构的主要例子，但许多民间机构也采用这种方法。
水平结构
虽然垂直结构侧重于层次结构，但水平结构使用更相等的设置。水平结构在管理和人工之间使用较少的层，并允许这些层之间更开放的通信。虽然在最高级别的政府中很少见到，但横向结构通常用于管辖范围较小，预算较少且雇员较少的机构。例如，当地卫生部门的主管可以使用横向结构直接与检查员和其他员工沟通，而不是使用中层管理人员。
分区结构
分部结构根据工作专业或地理分离员工。每个部门都以其他部门的最少投入来监督自己的运营。例如，在联邦一级，国务院处理外交事务。国务院内部负责处理与经济增长，政治事务，军备控制和人权有关的事务。
矩阵结构
矩阵组织结构使用一种系统，其中员工和管理之间的关系被建立为网格 - 或矩阵 - 而不是传统的层次结构。矩阵结构允许具有重叠职责的机构相互通信，但也可能导致重复工作。例如，国土安全部的一个部门科学和技术理事会使用矩阵结构来协调其反恐努力。
