S公司的会计方法会对其收入和支出的记录方式以及流向股东的收入金额产生重大影响。符合条件的S公司如果年度总收入少于1000万美元，可以现金形式提交。拥有库存的S公司如果年平均总收入低于100万美元，则只能使用现金收付制。
会计方法与S公司
S公司可以现金或权责发生制维持其会计记录。无论是否兑换现金，企业都使用权责发生制会计确认收入和支出。在现金方法会计中，企业仅在现金流入或流出业务时记录交易。由于S公司是直通实体，因此业务收入和损失流向个人股东纳税申报表。会计方法的选择可以改变该期间的净收入或损失以及流向股东纳税申报表的最终数字。
符合条件的业务类型
并非每个S公司都能以现金形式提交。美国国税局只允许具有某些商业活动的S公司使用现金会计方法。通常，主要提供服务，制造或修改个人财产的企业可以使用现金方法。但是，涉及采矿活动，制造，批发贸易，零售贸易和信息产业的公司不符合现金方法的资格，而必须使用权责发生制会计。
总收入限制
除了符合条件的企业外，S公司还必须通过总收据测试以现金形式提交。美国国税局将现金基础会计限制在最近三个纳税年度的年平均总收入低于1000万美元的企业。如果现有股东在过去三年内购买了S公司，他们必须将其前任的记录包括在总收入中。三年以来尚未存在的企业应该从平均总收入开始。
特殊库存问题
作为一般规则，持有库存的S公司必须使用权责发生制会计。但是，美国国税局是小公司的例外。平均年度总收入低于100万美元的企业可以使用现金方法。这些S公司应该将库存视为材料和供应，而不是使用库存评估方法。
