今天，想要运送货物（或移动人员）的人可能会意识到坚持只采用一种运输方式并不总是有意义的。例如，货物可以从船上卸载到卡车上，卡车将货物转移到铁路上，然后通过火车将货物运到全国各地。多式联运可能更有效，更便宜;但是，在某些情况下，它在速度和可靠性方面确实存在明显的缺点。
速度
虽然与其他方法相比，多式联运提供了相对较低成本的好处，但它通过牺牲速度来获得这一点;任何时候货物转移到相对较慢的行驶方式，例如在固定轨道上运行的列车，这些轨道可能不像卡车使用的道路那样提供直接路线，它会减速。为了以最高效率运营，多式联运还必须减少在仓库等待新承运人到达或卸载货物所花费的时间。
缺乏可靠性
由于其依赖多种运输方式，多式联运也会降低整体可靠性;随着不同模式链的增长，链中断的任何环节的可能性也会增加。当其中一种运输方式是铁路时，这尤其成问题;铁路更容易受到恶劣天气或设备故障引起的延误的影响。出于这个原因，以及对速度的担忧，需要可靠，高速运输的托运人不太可能考虑多式联运系统。
损伤
每当货物必须在货物周围移动时，由于货物从一种运输方式转移到另一种运输方式，托运人有可能遭受损坏。幸运的是，这种危险可以减轻，但这样做通常需要通过添加比通常认为足够的更多的支撑和保护材料来进行包装。增加的重量和费用部分地抵消了多式联运在能效和成本方面的优势。
高基础设施成本
多式联运货运也受到相对较高的基础设施成本的影响。集装箱化通过标准化形式降低了运输成本和难度;托运人可以轻松地将同一个集装箱从船上运到火车上。但是，处理这些集装箱需要托运人拥有操作大型集装箱所需的重型起重机和设备;所有地方都可能不存在这种基础设施，特别是在发展中国家。
