综合虫害管理（IPM）是一种控制害虫的系统，其综合了各种害虫防治技术，而不需要仅使用杀虫剂。 IPM的一些方法是栖息地操纵，生物控制，抗性品种的使用以及常规文化习俗的修改。虽然有些人赞成消除害虫，同时减少对化学品和有毒农药的依赖，但在使用综合虫害管理系统时必须考虑到某些缺点。
主要缺点
综合虫害管理系统非常复杂，需要更高层次的理解才能使用。有害生物控制的IPM系统涉及更多的时间，并且有时比喷洒杀虫剂以消除害虫的传统方法更昂贵。为了使IPM有效运作，需要不断监测。此外，某些IPM中使用的害虫的天敌后来可以成为害虫。
监控IPM
IPM系统最重要的元素是监控方面，没有捷径。参与系统监测的人员需要接受良好的教育和持续的监督，以便系统成功地消除有害生物。他们还需要广泛了解哪些天敌对每种作物的特定害虫都有效。生物控制剂的使用在不同作物之间会有很大差异，需要探索和监测使用的风险，以免损害该地区的其他作物和植被。通常需要经过培训的作物顾问来帮助解决使用IPM系统的一些问题。
更改为IPM
改变综合虫害管理系统涉及大量工作和时间。目前用于害虫控制的常规和做法可能需要进行彻底修改。这个过程可能需要花费很多时间并且会产生很多费用。
有害生物鉴定
正确鉴定危害作物的害虫是任何害虫控制系统过程中的重要步骤。然而，仅仅知道有害生物的侵袭已经不足以采取行动。 IPM系统需要能够区分真菌，有益昆虫和有害害虫。如果他们不能正确地做到这一点，他们的治疗计划可能弊大于利。一些IPM认为化学品的使用永远不可接受，这种想法并不完全正确。
