提供员工援助计划的雇主这样做是为了期望增加的福利将改善其员工的整体福祉。除了员工援助计划的费用之外，还存在诸如员工对机密性的看法，员工协助的有效性和结果以及滥用EAP服务等缺点。
EAP费用
分析员工援助计划的投资回报应该会在提高生产率和整体员工满意度方面取得积极成果。但是，提供EAP的成本可能超过收益，并最终成为您不想承担的负担。为员工提供内部EAP服务可能成本很高。启动和运行EAP所需的资源包括程序开发和实施，招聘有执照的专业人员以及维护与人力资源部门分开的实体。尽管许多EAP与雇主提供的团体健康计划一起提供，但这些资金可能更好地用于提供更多实质性的健康计划福利。
保密
员工向EAP顾问提供的信息应严格保密。但是，如果对员工或其他个人构成迫在眉睫的威胁，有些情况下，有执照的顾问有专业义务报告员工分享的信息。此外，了解员工访问EAP的人可能会有意或无意地披露损害EAP机密性的信息。当员工认为存在违反保密规定的情况时，他们也有理由对EAP和雇主失去信心。
效用
员工援助计划的一个缺点是其有效性值得怀疑。贵公司EAP的有效性取决于EAP提供商及其顾问的专业水平。没有聘用合格专家的EAP提供商无法向员工提供有用的建议，并且有可能失去作为有效EAP提供商的声誉。因此，贵公司为员工提供的EAP福利也是无效的。当该计划对员工提供的帮助很少时，您的EAP福利价值会急剧下降。此外，当员工从EAP顾问那里收到不好的建议时，会影响员工对EAP是否有任何益处的看法。
滥用
员工滥用EAP服务可能会成为一个严重的劣势，特别是在使用EAP福利作为暂停纪律处分的方式时。众所周知，员工声称他们正在努力解决药物滥用问题，以避免采取不利的就业行动。他们进一步声称，他们将通过雇主的EAP寻求帮助，以打击他们的成瘾。由于“美国残疾人法案”对保护的影响，这种类似的止损借口使雇主处于不稳定的地位。以这种方式滥用EAP服务的员工知道，如果有任何迹象表明员工有残疾，雇主不得采取不利行动。
