任何内部控制系统的一个重要目标是保护资产。由于工资单流程会影响人力和财务资源，因此工资单内部控制中的问题或弱点可能代价高昂。认识到工资核算流程固有的风险，了解其潜在影响并了解如何解决这些风险可能会导致长期的重大损失预防。
风险
工资单流程中的风险包括财务报告问题，例如低薪工资单和员工福利相关的负债或者销售成本（COGS）与销售，一般和管理（SG&A）费用之间的人工成本错误分类。通过支付幻影或终止雇员（通常是勾结的结果）和使用不正确的工资和工资率可以影响运营效率。违反联邦和州工资和小时法律或违反与员工和独立承包商相关的国税局（IRS）法规，监管合规性受到损害。
碰撞
工资问题的潜在财务，声誉和法律影响因其时间，规模和性质而有很大差异。了解事件可能产生的影响对于了解如何恰当地解决它非常重要。企业必须考虑以下因素：财务报告错误可能会增加外部审计费用。不正确的财务数据可能导致管理决策不善，并可能对投资者和其他利益相关者（如债权人）产生负面影响。对幻影员工的付款和不正确的工资率会对流动性产生负面影响并增加税收负担。违反工资和工时法律或IRS法规可能导致巨额罚款，法律费用，更高的员工流动率和声誉损失。
减轻
如果实施强大的工资核算控制，则可以降低工资核算问题的可能性或影响。但是，实施工资单控制的好处不应超过成本。定期和及时的工资核算帐户以及与总帐和第三方处理者的数据，文件传输和其他记录的数据核对可能会阻止或发现财务错报。审查直接和间接成本之间的员工分类可以帮助识别分类问题。工资单数据输入，处理和支付授权和发布人员之间的职责分离是理想的，但在资源有限的小公司中可能很难。在职责分离不符合成本效益的情况下，更高级别的管理审查，薪资率的审批和沟通，费率变化，人员晋升，工作变更和终止可能是适当的。针对法律和人力资源问题的适当管理和主管培训计划可能有助于提高法规遵从性。
监控
随着人员和业务流程通过增长或通过不恰当的管理覆盖控制程序而改变，任何内部控制系统都会随着时间的推移而变得无效定期评估潜在风险，并审查工资控制的设计和有效性，以确保它们保持相关性和成本效益。
