精益生产始于20世纪70年代和80年代日本汽车工业的丰田生产系统。它的主要目标是消除浪费，减少管理大量库存的需求，并通过将质量控制决策作为制造过程的直接部分，以最低成本提供最佳质量。监测，检查和消除各级废物。与大多数管理系统一样，精益制造并非没有自身的劣势。
供给问题
由于只有少量库存可供使用，精益生产严重依赖于能够可靠且不间断地为制造过程提供产品的供应商。员工罢工，运输延误和供应商质量错误等问题可能导致制造业陷入瘫痪。供应商可能无法或不愿意以更严格的时间表或更少的数量供应零件或产品。这些需求可能会给供应商造成无利可图的成本负担，并造成最终影响制造过程的紧张局面，并可能导致供应商频繁更换，甚至难以找到能够提供必要时间表的供应商。
高成本实施
实施精益制造通常意味着完全拆除以前的物理工厂设置和系统。培训员工可能很漫长，并且在精益制造过程中经验丰富的管理人员可以大大增加公司的工资支出。购买提高效率的机器以及设置较小的工作单元会增加长期债务。特别是中小型企业可能会发现转向精益制造流程的成本过高。
员工缺乏接受
精益制造流程需要对制造系统进行全面检修，这些制造系统可能会导致压力并拒绝那些喜欢旧方式做事的员工。此外，精益制造需要员工持续不断地进行质量控制，一些员工可能会感到不愿意或不合格。老员工可能更喜欢以前的方法，并且可能导致工作组中的其他方面的阻力。在这里，优秀的管理者对精益生产转型至关重要。找到具有足够领导能力和说服技巧的经理人可能会遇到一些困难，无法克服这种阻力。
客户不满意问题
由于精益生产过程非常依赖供应商效率，因此供应链中的任何中断 - 以及生产中的任何中断 - 都可能成为对客户产生负面影响的问题。交货延迟可能导致难以克服的长期营销问题。
