许多企业利用会计软件来帮助实现日常会计任务的自动化，建立控制和创建财务报告。市场上有多种会计软件包，通常可以满足大多数企业的需求，无论是大型企业还是独资企业。虽然会计软件可以节省时间并有助于保存数据，但使用会计软件存在一些缺点。
数据或服务丢失
当企业依赖会计软件时，由于电源或计算机中断而导致的任何服务中断都可能导致工作中断。工作中断可能会阻止新信息的输入以及阻止访问存储的信息。此外，如果未正确备份信息，计算机中断可能会导致财务数据丢失。
信息不正确
会计系统中的信息仅与放入系统的信息一样有效。由于大多数会计系统需要一些手动输入数据，因此除非审查所有输入数据，否则财务结果可能不正确。如果只倾向于审查会计系统的最终报告或输出，则可能很难找到错误的信息。
系统配置
每个企业都有独特的方面，当它试图根据需要定制通用的会计软件包时可能会造成困难。虽然许多程序可以进行自定义，但如果操作不正确，可能会导致停机和潜在的不准确。此外，随着业务的增长，可能需要更改会计软件包;这可能会造成很大的中断，因为必须迁移信息并且需要对人员进行新的培训。
成本
会计软件的缺点是涉及成本。除了购买软件的初始费用之外，还有维护，定制，培训和计算机硬件的成本。虽然节省时间可以证明成本是合理的，但对于某些企业来说，会计软件投资可能需要数年才能收回成本。
骗局
如果没有适当的控制和安全措施，可以操纵和访问以电子方式存储的信息。需要严格控制以确保只有经过授权的人员才能使用会计软件并可以访问报告。由于财务数据可以是敏感和机密的，因此使用会计软件会产生欺诈的可能性。
