成本审核可验证费用记录和帐户。审计还确保会计师和簿记员遵守道德规范。有效的成本审计提供了一个完整的费用明细，使公司的财务清晰明确。虽然它们提供了这种透明度，但进行成本审计存在许多缺点。
昂贵
与成本审计相关的一个主要缺点是费用过高。审计师通常是独立的承包商，可以为所提供的服务收取相对较高的价格。除初始费用外，如果公司未能在合同中禁止此类行为，审计师可能会在项目中间增加费用。一个人或公司基本上可以从支付4,000美元到6,000美元进行审计。
冗长
成本审核也是需要员工投入的漫长过程。虽然审核员可能是外部承包商，但员工必须提供所要求的信息，以便在需要进一步解释文件时可以访问。人们还必须向承包商提供拟议的时间表。如果公司希望在三个月内完成审核，员工必须向审核员提供有关如何在给定时间范围内完成目标的路线图。这个过程需要员工额外的时间和精力。
失去的时间
虽然很透彻，但审计报告通常在资产负债表发布后的三到五周内提供。这意味着从企业偷窃的人有将近一个月的时间来形成借口或离开公司。无论选择何种方案，资产负债表发布和审计报告之间的时间损失都可能使公司损失资金，因为有证据表明员工的资金减弱。
不确定
由于该过程的主要部分涉及估算，因此数字数字可能存在错误。此外，如果收据和其他形式的记录保存有偏差，依赖此类文件的审计员可能会产生不准确的报告。无组织的公司不会发现成本审计有用，因为该流程只是在不对其进行整理的情况下提供信息。
