人力资源管理系统可以采用信息管理系统的形式。组织使用HRMS来管理有关其员工队伍的信息。这些信息有助于管理人员和人力资源专如果没有决策者可获得的正确信息，人力资源管理系统除了记录保存和报告之外几乎没有其他应用。
越权存取
当组织在人力资源管理系统中收集有关其员工的个人数据时，可能会出现某些安全风险。组织花费资金来保护员工隐私信息免受内部和外部威胁。电子HRMS的一个缺点是组织必须收集有关谁访问员工私人信息的信息。这些数据需要跟进审计流程，这可能导致对未经授权或没有官方目的访问员工数据的员工进行约束或起诉。
专业知识
对数据控制的需求是HRMS的另一个潜在缺点。此数据控制扩展到未经授权访问员工私人信息。使用人力资源管理系统（如PeopleSoft）的组织必须雇用自己的一组技术人员对系统进行编程，故障排除，更新和支持。虽然人力资源管理系统可以帮助组织降低人力资源人员的成本，但它可以增加对具有HRMS解决方案特定知识的技术人员的要求。
数据输入错误
人力资源管理系统也只能与人类程序员和最终用户一样好。具有高级访问权限的人员（例如更新HR主文件的人员）可能会故意或错误地输入错误的信息。如果数据未正确更新，更改或丢失，组织可能会面临政府罚款以及与HR主文件损坏相关的其他费用。选择一个包含大量内部控制的系统，以便一名员工无法更改公司的主文件。
