自助人力资源系统允许员工更新信息，查看薪酬报表，对可用工作进行投标以及阅读公司政策。这些系统减少了人力资源人员的工作量，并可降低组织的管理成本。人力资源自助服务系统确实为公司提供了优势，但管理层必须在实施系统之前考虑其缺点。
训练
组织必须使用时间和资源来培训员工使用新的人力资源系统。一些员工使用基于计算机的系统来更新他们在人力资源系统中的记录可能会感到不舒服。在拥有大量员工的组织中，培训可能需要多个会话以确保所有员工都知道如何使用该系统。人力资源和信息技术员工还需要对新系统进行培训，以帮助员工解决系统问题。
人为错误
自助服务系统打开了员工向人事档案引入错误的可能性。虽然当人力资源员工将人员数据输入文件时也存在错误，但是对于不熟悉系统的员工来说问题可能更大。没有人力资源监督，这些错误可能无法检测到。
访问
并非组织中的所有员工都可以访问计算机以输入或查看信息。如果公司在整个建筑物内设置计算机系统以便员工访问人力资源信息，则实施系统的成本会增加。公司内设置的计算机站也增加了信息技术员工的工作量。
面对面互动
基于计算机的自助式人力资源系统减少了工人与员工之间的面对面互动。有些员工可能需要帮助才能了解保险和福利表格，这是自助服务系统无法提供的。
在线信息安全
使用通过Internet访问员工的自助服务系统的公司必须采取措施将员工的个人信息保密。使用公司内部网的系统对于员工信息来说是一种更安全的选择，但仍然必须保护它以保护员工信息的隐私。
