公司选择使用的组织结构类型将影响员工关系，客户服务和业务关系。有机组织结构的目的是为员工提供的变革提供灵活性。它是一种扁平的组织模型，可以限制组织中的层次结构，它是围绕员工或员工的想法，需求和反馈建立的。虽然有机组织结构鼓励工作场所的民主，但它有缺点需要考虑。
没有界限
组织成员定义了有机组织结构的边界。这意味着规则，界限和标准可能会根据团队成员的影响而不断变化。这可能在一些组织中运作良好，但可能导致贪婪和自私的动机，而不是企业责任。如果向客户提供对同一问题的各种回复，则缺乏边界也会影响客户关系。
非生产性指令
当领导层发出指令时，由于缺乏动力，这些指令可能会变得无效。例如，如果在当地执法机构实施有机组织结构，则不存在紧急和即时指导的必要性。在这种情况下，需要一个更权威的组织结构，其中下属立即响应订单。
无效的领导力
如果权力掌握在员工手中，则会导致领导力无效。例如，如果员工习惯于自我管理，然后领导者试图实施变革，那么员工可能无法回应方向，因为他们认为自己是领导者。有机组织结构中的领导力需要保持定义并积极参与决策和政策执行过程。有机组织结构也可以消除高层管理人员的日常事务。
沟通障碍
有机组织结构可以在部门之间建立沟通障碍。由于部门是自治的，因此两个部门之间很容易发生冲突，而这些部门看不到同样的事情。另一个沟通障碍是缺乏定义。如果每个部门以不同方式定义不同的策略，则一个部门可能无法理解另一个部门发送的消息
